因从前张姓人家曾在此开设马店，得名“马店”。

2024年1月，马店村被命名为2023年度云南省卫生村。

马店村是巧家县小河镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为530622103214，居民身份证号码前6位为530622。邮政编码为654600，长途电话区号为870 ，车牌号码为云C。马店村与木厂村、坝统村、拖车村、普谷村、垭口村、新田村、山堡村、马鞍村、竹山村、瓦房村、嘿格村、六合社区、小河社区相邻。历史沿革：清时属五甲。

1950年属五区寿屏乡；1951年属五区新店乡；1952年属五区设马店乡；1958年属五区跃进人民公社称马店管理区；1961年属小河区称马店公社；1962年属新店区仍称马店公社；1970年属新店公社称马店大队；1984年属新店区称马店乡；1988年属六合乡称马店行政村；2006年划归小河镇仍称马店村民委员会，自得名以来沿用至今。