因当地有一洞，洞壁中塑有佛像数樽，洞前树木茂盛，常年云雾缭绕，故名。

2019年12月，云昙村入选2019年四川省卫生村（社区）名单。

云昙村是通江县麻石镇下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为511921105210，居民身份证号码前6位为511921。邮政编码为636700，长途电话区号为827 ，车牌号码为川Y。云昙村与蒲家坪村、印顶寨村、红梁村、马三垭村、土顶子村、双柏树村、瓦尖山村、高石梯村、长清村、禹王宫社区相邻。历史沿革：解放前是麻石的第六保，解放后是麻石乡的第十村，1953年为土改结束划乡建镇为印顶寨乡第六村，1955年撤销又属麻石乡第六村，1958年建立和平公社改双红管理区。

1962年文革时期改光荣公社为光荣大队。

1983年撤销人民公社改为云昙乡云昙村。

2020年5月乡镇行政区划调整和村级建制调整，将原云昙乡云昙村、穿石梁村、神口河村合并，设麻石镇云昙村，沿用至今。