明代，余姓人氏在此建村落户，后开店，称余家店，简称余店。
余店村是新蔡县余店镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为411729111200，居民身份证号码前6位为411729。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。余店村与东王庄村、后李庄村、郭店村、汪田庄村、胡营村、二宋庄村、张桥村、姜庙村、八里岗村、黄围孜村、大王庄村、余围孜村、韩店村、赵庄村相邻。历史沿革：1948年属新蔡县三区（陈店）。
1951年属新蔡县四区（余店）。
1958年8月成立余店生产大队，属余店人民公社。
1983年设余店村民委员会，属余店乡。
