据碑文载，明代初期，仝姓从山西洪洞县迁此，开店，取名仝店。清同治元年（1862）筑寨时，从沟里挖出一尊神像，遂建庙院一座，称神沟庙，村以庙名。

神沟庙村是遂平县沈寨镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411728106207，居民身份证号码前6位为411728。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。神沟庙村与岗赵村、罗池坑村、刘阁村、双楼村、田堂村、雷王庙村、魏庄村、老庄村、吴楼村、和店村、小寨村、高庄村、沈庄社区、徐庄村相邻。历史沿革：明、清属遂平县。

1931年属八区（区公所驻盛寺庙）。

1936年属四区沈寨联保（区署驻玉山镇）。

1958年9月建神沟庙生产大队，属沈寨人民公社。

1966年更名为建设生产大队，属沈寨人民公社。

1981年9月复名神沟庙生产大队，属沈寨人民公社。

1983年12月改设神沟庙村民委员会，属沈寨乡。