明末，一余姓在通往今正阳县、息县路边开设食宿店，名余家店。后演化为余店。

南余店村是汝南县南余店乡下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为411727204200，居民身份证号码前6位为411727。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。南余店村与张湾村、门庄村、郭店村、薛庄村、秧湖村、杨围子村、徐庙村、潘庄村、李楼村相邻。历史沿革：1958年8月，由余店、罗庄、张湾、高湾、余岗、余庄、谢庄、杨庄7自然村建余店生产大队，属东方人民公社。

1959年3月，属王岗人民公社。

1961年9月，属王岗区余店人民公社。

1962年7月撤区，属王岗人民公社。

1975年4月，属余店人民公社。

1980年6月，分出张湾、高湾、余岗、余庄、谢庄、杨庄，另建张湾生产大队。

1983年12月，改称余店村民委员会，属南余店乡。