清代初年，余姓人氏迁此定居建村，取名为余庄。
余庄村是确山县双河镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411725108211，居民身份证号码前6位为411725。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。余庄村与马坡村、王堂村、杨店村、张店村、施庄村、陈店村、蔡庄村、金沟村、韩楼村、大徐庄村、蔡楼村、王老庄村、张楼村、陈上庄村相邻。历史沿革：清属南十保。
1958年设立余庄生产大队，属杨店人民公社。
1983年12月设立余庄村民委员会，属杨店乡。
2005年12月杨店乡并入双河乡，属双河乡。
