清朝初年，金姓从湖北麻城迁至此地，在此定居并建村，村庄地势低洼，形似河沟，取名为金沟村。
2023年12月，2023年度河南省健康村试点名单公布，金沟村榜上有名。
金沟村是确山县双河镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411725108207，居民身份证号码前6位为411725。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。金沟村与大徐庄村、陈店村、张店村、王老庄村、陈上庄村、马坡村、余庄村、凌楼村、王堂村、夏庙村、杨店村、邢庄村、施庄村、双河村相邻。历史沿革：清属南十保。
1958年设立金沟生产大队，属杨店人民公社。
1983年12月设立金沟村民委员会，属双河乡。
