明代初年，邢姓从山西洪洞县搬迁到此定居并以开店为生，逐渐成村后取名为邢店。
2022年1月，邢店村被命名定为2021年度河南省卫生村。
邢店村是确山县瓦岗镇下辖的行政村，城乡分类代码为122，为镇乡结合区。区划代码为411725107211，居民身份证号码前6位为411725。邮政编码为463000，长途电话区号为396 ，车牌号码为豫Q。邢店村与林庄村、黑风寺村、下沟村、贯台村、邓庄村、冲口村、芦庄村、常庄村、泽沟村、田畈村、叶老庄村、孙岗村、刘老庄村、瓦岗村相邻。历史沿革：清属西五保。
1958年设立邢店生产大队，属瓦岗人民公社。
1983年12月设立邢店村民委员会，属瓦岗乡。
