明洪武年间，马氏始祖从山西洪洞县迁商水城南胥庄定居，后因人口繁衍增多。清初，一支迁此定居，取村名南马庄。
南马庄村是商水县化河乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411623204221，居民身份证号码前6位为411623。邮政编码为466000，长途电话区号为394 ，车牌号码为豫P。南马庄村与大柴庄村、任庄村、高老村、谢楼村、高楼村、大王庄村、肖庄村、小庄村、陈李庄村、大庄村、宁楼村、北郭庄村、东化庄村、王教庄村相邻。历史沿革：1918年属商水县东区五里堡西地方。
1961年8月，组建南马庄大队，属城关区。
1983年12月，南马庄大队改制南马庄村民委员会，属化河乡。
