原村名为邱家店，明末李姓迁此居住，更名为邱李店；清初邱姓迁走，改称李家店，后为罗山县城北的李家店，更称南李店。因村委会位于此，故名。

2022年1月，南李店村被命名定为2021年度河南省卫生村。

南李店村是罗山县庙仙乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411521202202，居民身份证号码前6位为411521。邮政编码为464000，长途电话区号为376 ，车牌号码为豫S。南李店村与围孜村、吴乡村、项寨村、庙仙村、熊林村、高庄村、姜嘴村、周店村、章楼村、柴乡村、蒋洼村、方集村、邢桥村、赵洼村相邻。历史沿革：1958年设立南李店大队，属莽张公社。

1968年围孜、六里大队并入，更名东风大队，属莽张公社。

1972年六里与围孜大队先后从该大队析置，又复名南李店大队，属庙仙公社。

1983年7月，撤销南李店大队，设置南李店村民委会，属庙仙乡。