此谷上承珍珠、龙王、三谭、瀑布四泉水，水源丰富，流速较急，自古谷中多设水磨，故名磨沟。春秋之鬼谷，汉之党子谷，即此沟名。

2023年9月，磨沟村被确定为河南省第一批乡村建设示范村。

2022年12月，被认定为河南首批乡村康养旅游示范村。

2020年8月，磨沟村入选第二批全国乡村旅游重点村名单。

磨沟村是淅川县仓房镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411326109206，居民身份证号码前6位为411326。邮政编码为473000，长途电话区号为377 ，车牌号码为豫R。磨沟村与清泉村、周庄村、杨湾村、棠梨树岗村、胡坡村、侯家坡村、王井村、刘裴沟村、党子口村、仓房村、礌山村相邻。历史沿革：1914年属东二区李官桥第五段上寺保。

1949年属七区李官桥，为磨沟乡。

1956年属下寺中心乡仓房乡。

1958年8月属下寺公社，设磨沟大队。

1969年属仓房公社为磨沟大队。

1983年改为磨沟村民委员会，属仓房乡。

1999年属仓房镇，沿用至今。