吴姓始祖于清顺治元年（1644）由山西洪洞县迁此建村，故名。
吴家沟村是淅川县荆紫关镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为411326101235，居民身份证号码前6位为411326。邮政编码为473000，长途电话区号为377 ，车牌号码为豫R。吴家沟村与沙渠河村、石槽沟村、庙岭村、程家洼村、张巷村、山根村、冯营村、麻坎村、全庄村、西头村、金家沟村、孙家湾村、龙泉观村、张村村相邻。历史沿革：明清属荆紫保里。
1914年属西二区荆紫关地二段。
1948年属六区，荆紫关东吴村乡。
1954年属荆紫关区东吴村乡。
1956年属张村中心乡吴村小乡。
1957年属张村中心乡吴村小乡。
1959年属荆紫关公社东吴村大队。
1961年属荆紫关区吴村小公社，从东吴村分设吴家沟大队。
1983年12月改为吴家沟村民委员会，属荆紫关乡。
1986年乡改镇建制后属荆紫关镇，名称沿用至今。
