原名清丰店，相传为隋孝子张清丰故里。隋文帝嘉其贤，令其家迁至大镇。宋时划归南乐，时已有以孝子命名的清丰县。又在二县交接处，各取县名一字，定名南清店。
2021年1月，河南省爱卫会命名南清店村为2020年度河南省卫生村。
南清店村是南乐县杨村乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410923200236，居民身份证号码前6位为410923。邮政编码为457000，长途电话区号为393 ，车牌号码为豫J。南清店村与百拐村、楼营村、前吉楼村、后吉楼村、齐杨吉道村、聂吉道村、郭吉道村、樊庄村、袁家庄村、胡庄村、南孟庄村、北香七固村、南香七固村、后烟里村相邻。历史沿革：1949年建国后，为南乐一区南清店村公所。
1956年为吴村乡南清店农业生产合作社。
1958年为杨村公社南清店大队。
1984年改为杨村乡南清店村民委员会。
