明末，耿姓率家人从西杨村迁此，在花石岩沟内定居，故名耿沟。
2024年9月，入选焦作市首批地名文化遗产保护名录。
耿沟村是孟州市槐树乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为410883201240，居民身份证号码前6位为410883。邮政编码为454100，长途电话区号为391 ，车牌号码为豫H。耿沟村与卫山村、寨上庄村、芹菜沟村、小石庄村、西坡村、上河村、后刘庄村、马吉岭村、钱沟村、焦庄村、北杨村、源沟村、西王庄村、前尖庄村相邻。历史沿革：1949年属第五区。
1955年属双柿树乡耿沟初级农业生产合作社。
1957年属吉利中心乡双柿树高级农业合作社。
1958年为耿沟大队，属吉利公社。
1983年设立耿沟村民委员会，属石庄乡。
