万历年间，一户肖姓人家从外地来到，后来发展成好几家，因较小，故名小屯。因与高村公社小屯重名，且位于南，经县政府（1982）91号文批准改名为南小屯。
小屯村为非贫困村，全村175户，756人,2个村民小组，耕地面积670亩，党员29名，村两委干部5人，村民代表30人。南小屯村与高楼新庄村、大马庄村、水屯村、西裴屯村、南史庄村、宋窑村、南阳村、十里铺村、十三里堡村、王庄村、常屯村、南宋庄村、玉女观村、骑河黄庄村相邻。荣誉排行：
2021年1月，河南省爱卫会命名南小屯村为2020年度河南省卫生村。
历史沿革：1958年建南小屯大队，属北阳公社。
1983年设南小屯村民委员会，属北阳乡。
2001年属北阳镇，沿用至今。
