明洪武年间，杜氏先祖迁此，得名“杜家沟”，简称“杜沟”。

2022年1月，杜沟村被命名定为2021年度河南省卫生村。

杜沟村是巩义市小关镇下辖的行政村，城乡分类代码为122，为镇乡结合区。区划代码为410181102209，居民身份证号码前6位为410181。邮政编码为450000，长途电话区号为371 ，车牌号码为豫A。杜沟村与段河村、口头村、水道口村、楼子沟村、张家庄村、南岭新村、郑沟村、龙门村、大山怀村、冯寨村、丰门沟村、小关村相邻。历史沿革：1948年4月前属崇仁乡第九保（本保含杜沟、段河），后为第八区（米河区）杜沟行政村。

1952年属第八区（小关区）杜沟行政乡。

1956年为小关乡杜沟高级社。

1958年属金星公社，后划入郑州市上街区。

1965年为小关公社杜沟大队。

1983年改为小关乡杜沟村，成立村民委员会至今。

1990年撤乡建镇，属小关镇。