清光绪年间，村中建玉仙圣母庙楼，村以楼得名。

2023年9月，楼子沟村被确定为河南省第一批乡村建设示范村。

2022年1月，楼子沟村被命名定为2021年度河南省卫生村。

楼子沟村是巩义市小关镇下辖的行政村，城乡分类代码为122，为镇乡结合区。区划代码为410181102207，居民身份证号码前6位为410181。邮政编码为450000，长途电话区号为371 ，车牌号码为豫A。楼子沟村与口头村、南岭新村、杜沟村、龙门村、段河村、冯寨村、水道口村、小关村、张家庄村、郑沟村、大山怀村、丰门沟村相邻。历史沿革：1948年4月前属崇仁乡第四保（本保含荻坡、虎脑、杨树洼、楼子沟），后为第八区（米河区）楼子沟行政村。

1952年属第八区(小关区）楼子沟行政乡。

1956年为小关乡楼子沟高级社。

1958年属金星公社，后划入郑州市上街区。

1965年为小关公社楼子沟大队。

1983年改为小关乡楼子沟村，成立村民委员会至今。

1990年撤乡建镇，属小关镇。