因村位于新城圩南端3公里章江南岸称水南而得名。

2025年3月，被命名为第七届全国文明村镇。

2022年6月，水南村被命名为第七批江西省民主法治示范村（社区）。

2021年9月，水南村被认定为第二批全国乡村治理示范村。

2020年6月，水南村被授予“第十届赣州市文明村镇”称号。

水南村是大余县新城镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为360723101218，居民身份证号码前6位为360723。邮政编码为341500，长途电话区号为797，车牌号码为赣B。水南村与鱼仙村、观路村、店孜里村、莲塘村、茶园村、樟树下村、龙王庙村、南丰村、高龙村、巷口村、分水坳村、灌湖村、王屋岭村、京州村相邻。历史沿革：中华人民共和国成立前夕届龙华乡。

中华人民共和国成立初属水南乡，1956年属胜利乡。

1958年秋属银鹰公社，次年属新城公社为水南大队。

1961年属南丰公社，1966年又属新城公社，均为水南大队。

1968年白田埠大队并入至1978年分出。

1983年5月属新城区南丰乡，水南大队更名为水南村。

2001年5月撤销南丰乡，为新城镇水南村并沿用至今。