原名港口圩。古时候章江经过此地，设码头和圩场，来往的船只停靠在这里，商人在圩场交易，故称港口圩。后来因书写港与巷同型演变成巷口。

巷口村是大余县新城镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为360723101212，居民身份证号码前6位为360723。邮政编码为341500，长途电话区号为797，车牌号码为赣B。巷口村与分水坳村、高龙村、灌湖村、龙王庙村、樟树下村、王屋岭村、京州村、莲塘村、桥西村、观路村、水南村、周屋村、鱼仙村、白田埠村相邻。历史沿革：中华人民共和国成立前夕属龙华乡。

中华人民共和国成立初属自由乡，1956年属共和乡．1958年秋属银鹰公社，次年属新城公社为联合大队，1961年属共和公社，1966年又属新城公社，均为联合大队；1968年与自由大队合并为东方红大队；1978年析出自由大队。

1983年5月属赤石乡为巷口村。