明、清时代建村。传说卢氏于宋末元初由龙岩迁此，子孙分别在上、下吾祠，后隔洋，前村洋，山丰等五处开畬定居，称“五畬”。后以“畬”“祠”方言同音写为“五祠”演化为今名。

吾祠村概况 一、基本情况：吾祠村位于吾祠乡政府所在地，全村辖上吾祠、下吾祠、后隔洋、前村洋、山丰五个自然村，7个村民小组，总住户212户总人口637人，土地总面积22004亩，其中耕地面积684亩，林地面积16643亩，主要种植杉木、松木、油茶、毛竹等，现有毛竹林2000亩，油茶252亩。2011年人均年收入约4272元，现人均年收入低于3000元的农户有24户78人，其中低保户11户38人。现有党员25名，其中女性党员5名，预备党员2名，外出党员7名，入党积极分子2名，党员平均年龄44岁，现有支委会成员3名，下设“党员中心户”4户。二、制约村+查看详细吾祠村概况>>

2024年1月，被命名为2023年度龙岩市“平安村居（社区）”。

2022年10月，福建省农业农村厅认定吾祠村定为第二批福建省乡村治理示范村镇。

2021年11月，福建省爱卫办命名吾祠村为2021年福建省卫生村。

2021年1月，被命名为2020年度龙岩市“平安村居（社区）”。

2020年12月，2020年福建省森林村庄名单出炉，吾祠村入选。

2020年2月，福建省第三批省级传统村落名单出炉，吾祠村榜上有名。

历史沿革：1934年称吾祠保，初隶第四区（新桥）称芦溪联保、芦溪乡，后属新桥镇。

1949年初属新桥镇为吾祠村；1950-1952年后属第六（新桥）区与横坑村合并为吾祠乡。

1958年称吾祠大队属建峰公社；1959年并属新桥公社。

1961年析设吾祠公社，划属之。

1984年政社分开，称吾祠村属吾祠乡。