因从前全村用水碓碓米，有个石碓加工厂，故名。

2024年7月，被命名为2023年度三明市达标“六无”村（社区）。

水碓村是永安市安砂镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350481102206，居民身份证号码前6位为350481。邮政编码为366000，长途电话区号为598 ，车牌号码为闽G。水碓村与青村村、安砂社区、玲珑村、罗峰村、坑口村、江后村、培竹村、石碧村、小江坊村、小火村、凉坑村、苔茹村、茶仔林村、江坊村相邻。历史沿革：明清时期属永安县三十二都。

1951年属永安县四区水碓乡。

1955年11月属安砂区水碓乡。

1958年10月属安砂人民公社。

1962年1月属水碓人民公社。

1966年9月水碓人民公社撤销并入安砂人民公社。

1984年成立水碓村村民委员会并沿用至今，属安砂镇政府。