因该自然村居民姓马，古时为避兵匪之乱而在村中建有家土寨，故名。

2024年7月，被命名为2023年度三明市达标“六无”村（社区）。

马寨村是清流县灵地镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为350423103210，居民身份证号码前6位为350423。邮政编码为365000，长途电话区号为598 ，车牌号码为闽G。马寨村与坑甲村、田中村、尤坊甲村、邓家村、吉龙村、灵地村、古洋村、瑞云社区、大坪村、杨源村、姚坊村、步云村、青甲村、灵和村相邻。历史沿革：中华人民共和国成立以前属群英乡邓家保；1950年属灵地区邓家乡；1951年属四区邓家乡；1956年属灵地区邓家乡；中华人民共和国成立以后属邓家乡管辖；1958年人民公社化属红旗公社邓家大队；1961年为邓家公社马寨大队；1984年为邓家乡马寨村，设村委会；2007年改称灵地镇邓家村村民委员会。