由原巡检司村、赤礁村合并设立，沿用老村名。明代，曾设巡检司于此，后即以此名村。据《三门年鉴》第一辑载：“巡检司古城，为唐代南北会防之所，明设巡检司防倭寇，城内有城隍庙、社稷祠、秦伯庙，更有唐建墩煌，明万历所凿石鸣。”。
2021年12月，巡检司村被命名为2021年浙江省卫生村。
巡检司村是三门县健跳镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为331022105234，居民身份证号码前6位为331022。邮政编码为318000，长途电话区号为576 ，车牌号码为浙J。巡检司村与小蒲村、西渡村、花市村、大塘村、岙口村、繁荣村、刘塘墩村、毛叶村、上街村、毛张村、上陈村、中街村、西郭村、下街村相邻。文化旅游：
蒲西巡检司城蒲西巡检司城位于三门县健跳镇巡检司村城隍山。为省级文物保护单位。历史沿革：清属宁海县西洞庄。
民国时巡检司、小蒲店属永丰乡；民国赤礁、西渡斗门属六鳌乡。
1949年解放后巡检司、小蒲店属永丰乡；赤礁、西渡斗门属六敖乡。
1950年8月由六敖乡、永丰乡分设，属西洞乡。
1955年赤礁、西渡斗门与西渡斗门村联合成立第一、第二初级社。
1956年赤礁、西渡斗门转为赤礁高级社；巡检司、小蒲店成立巡检司初级社，属蒲西乡。
1957年巡检司、小蒲店并入小蒲高级社。
1958年11月属蒲西管理区。
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