村旁清溪中有一潭，称大清潭而得名。

2023年12月，清潭村被命名为2023年度浙江省卫生村。

2023年1月，宁波市民政局确认清潭村为第五批宁波市完善型农村社区。

2022年3月，清潭村被命名为2021年度宁波市民主法治示范村（社区）。

2013年8月，清潭村被列入第二批中国传统村落名录。

清潭村是宁海县深甽镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为330226112261，居民身份证号码前6位为330226。邮政编码为315000，长途电话区号为574 ，车牌号码为浙B。清潭村与凤山社区、岭下村、岭徐村、夏樟村、柘坑戴村、深甽村、三省村、上湖村、大里村、赤岙村、马岙村、大洋村、望海岗村、大蔡村相邻。历史沿革：解放前属三省乡，1950年属里大乡，1951年属胜联乡，1956年属大里乡，1958年属深甽公社，1959年12月划属奉化县，1961年12月复归宁海县，建清潭大队，属大里公社，1983年属大里乡。

1992年撤乡，建大里办事处，属大里办事处管辖。

2006年3月20日，宁政函[2006]29号《宁海县人民政府关于深镇马岙等行政村规模调整的批复》批准由清潭村、上陈村、上张村3个自然村合并为清潭行政村。