清朝后期阜宁城北建起了一座道教庙宇，名为三元宫，此地为庙产一部分，遂取名为三元庄，后沿用为村名。

三元村位于通榆镇南端，与阜宁县东湾村交界，东临张家河，西至204国道、通榆运河、S348、204国道在境内交汇，水陆交通便捷。全村拥有耕地3600亩，辖6个村民小组，865户、3252人口，现有党员98人，村组干部7名。2017年全村人均可支配收入14520元。截止2017年底，全村共有建档立卡低收入农户83户、205人，其中五保户11户、13人，低保户43户、105人。三元村与桥南社区、阜坎村、刘簖村、通榆社区、腰庄村、周舍村、西沙村、舀港村、三埝村、万岗村相邻。荣誉排行：

2024年4月，被认定为江苏省第一批宜居宜业和美乡村。

2018年12月，江苏省爱卫会命名三元村为2018年度江苏省卫生镇（村）。

历史沿革：1958年，建立三元大队。

1983年，体改时得名三元村村民委员会。