吴姓建村时，与大吴村相比较小，故称小吴。
小吴村：位于燕子埠镇西南5.5公里处。区域面积2平方公里，人口1328人，耕地面积3248亩。小吴村与黑山村、花山子村、棠棣埠村、韩寺村、茅寺村、佛头村、扒头山村、徐洼村、陈黄楼村、鹿寨村、刘官庄村、尤村村、大吴村、郭庄村相邻。荣誉排行：
2020年12月，小吴村入选2020年度江苏省卫生镇（村）名单。
历史沿革：1949年隶属山东，1953年属邳县，1958年属燕子埠公社为小吴大队，1983年恢复乡建制，属燕子埠乡为小吴村村民委员会。
2000年撤乡建镇，属燕子埠镇为小吴村村民委员会，沿用至今。
