有南面“园地”之义。南元、北元相邻俩村耕地都是水浇地，是菜园子地，南元在南部故名。清朝咸丰年间（1851-1861），时任知县张灿斗从云南昆明引来水车，将县城南部城墙内外一些土地安装水车变为水浇园地，城墙外被称为南园。1917年，河曲编村，将城南以农民为主体的居民划片编为南元等三个村。沿用至今。南元村农村居民依法选举产生的基层群众自治组织。因所辖自然村是“南元”而得名。

2020年8月，山西省爱国卫生运动委员会命名南元村为2020—2022周期山西省卫生村。

2015年3月，司法部、民政部表彰南元村为第六批全国民主法治示范村（社区）。

南元村是河曲县西口镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为140930100205，居民身份证号码前6位为140930。邮政编码为034000，长途电话区号为350 ，车牌号码为晋H。南元村与铁果峁村、北元村、大东梁村、唐家会村、坪泉村、焦尾城村、岱狱殿村、科村村、邬家沙梁村、蚰蜒峁村、沙畔村相邻。文化旅游：

河曲县烈士陵园河曲县烈士陵园位于河曲县西口镇南元村，年代为1949年，忻州市第三批市级文物保护单位。历史沿革："1956年成立高级社。

1958年“人民公社化""成立南元生产大队。

1984年成立南元村民委员会。

2021年2月行政区划调整，文笔镇更名西口镇，属于西口镇。