因位于崇瓦张村南的一条大沟里，原得名“南沟”该为原南沟大队驻地，南沟大队因系重名大队而更名为崇南沟大队后，该村则更名为崇南沟村。因该村为村委会驻地，故名。

2023年11月，山西省爱国卫生运动委员会命名崇南沟村为2023-2025年山西省卫生村。

2020年8月，山西省爱国卫生运动委员会命名崇南沟村为2020—2022周期山西省卫生村。

崇南沟村是长子县慈林镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为140428104229，居民身份证号码前6位为140428。邮政编码为046000，长途电话区号为355 ，车牌号码为晋D。崇南沟村与西张沟村、崇瓦张村、慈林山社区、龙泉村、南坡村、东马户村、庄头村、崔庄村、南郜村、东范村、西范村、南张店村、西张堡村、五里庄村相邻。历史沿革：1945年属长子三区管辖。

1958年属布村人民公社管辖。

2000年撤乡并镇后，崇南沟村民委员会隶属于慈林镇，该地名自使用以来一直沿用至今。