清朝道光年间，有一户鲍姓人氏在此开设车马店，并经营杂货，鲍家店后人称包家店。是出县城东去的一个住所，成为商旅云集的小镇，故名。
包家店镇地处天山北麓准噶尔盆地边缘，位于玛纳斯县城9千米处，东与呼图壁县、乐土驿镇相连，西与头工乡、凉州户镇接壤，南接塔西河哈萨克民族乡，北靠广东地乡和新湖总场六分场。地理位置在东径86°12′—86°29′，北纬43°07′—44°23′。南北长30千米，东西宽23千米，总面积约288平方千米。属典型的大陆性干旱气候，无霜期在168~198天之间，辖区总面积约288平方千米，下辖42个民委员会，一个居委会，总人口15525人，有汉族、哈萨克族、回族、维吾尔族等7个民族，是玛纳斯县最大的乡镇，包家店镇因清代一民在此开设店，并经营杂货，接纳东来西往的商旅而得名。境内水土资源丰富，有可耕地+查看详细包家店镇概况>>
2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，包家店镇（制种玉米）榜上有名。
2021年9月，包家店镇被认定为第二批全国乡村治理示范乡镇。
2021年4月，包家店镇入选农业农村部、财政部2021年农业产业强镇创建名单。
2010年3月，环境保护部授予包家店镇2010年国家生态建设示范区之“全国环境优美乡镇”称号。
历史沿革：1949年至1952年属第二区。
1958年成立包家店人民公社。
1994年5月撤乡建镇更名为包家店镇，沿用至今。
