早年，此地山间有庙，故名庙尔沟。“尔”为“儿”的误写。
庙尔沟乡原为昌吉市国营牧场，于1998年撤场建乡。2013年11月，庙尔沟乡政府搬迁至和谐二村（昌吉市以北54公里）。全乡总面积1202平方公里，总人口1772户5756人，有哈、回、汉等7个民族构成，其中哈萨克族占98.8%。下辖4个行政村(南部山区1个村、北部荒漠定居村3个，最远的行政村庙尔沟村离庙尔沟乡政府135公里)。全乡有各级人大代表50名，其中州代表1名、市代表5名、乡代表49名。下辖中心学校、派出所、卫生院3个站所，幼儿园4所。庙尔沟乡先后荣获区、州生态文明乡镇、自治区级“平安乡镇”、“文明乡镇”称号、先进基层党组织、科普示范乡镇等一系列荣誉。历史沿革：1955年成立昌吉州牧场。
1998年撤昌吉市牧场建庙尔沟乡。
