独店镇因地处古歧凤通往北部之通道，为中途住宿之处而得名。
独店镇地处灵台县东部甘陕两省泾长灵三县交界之处，交通便捷、商贾云集、商贸活跃，为陇东商贸重镇，也是首批市列小城镇建设示范镇。全镇辖21个村168社3.53万人，总流域面积162平方公里。独店开发较早，人杰地灵，文化积淀丰厚，晋代政治家、思想家、文学家、针灸医学鼻祖皇莆谧于公元256年，移居独店张鳌坡，博览群书，精心研读，耕作种药，行医济世，《针灸甲乙经》在此问世，留有“皇莆花园”、“皇莆谧陵园”等古籍遗址。春秋战国时鲁国大夫左丘明择居独店秋社射，并安葬于此，现留有丘明古冢。姚李、饮马等西周古墓群出土国家珍贵文物多件。改革开放以来，全镇上下抢抓历史机遇，面向市场，强基础、+查看详细独店镇概况>>
2023年2月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名独店镇为2022年度甘肃省卫生乡镇（街道）。
2021年8月，独店镇入围2021年度中国苹果产业百强镇。
2014年6月，环境保护部授予独店镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。
历史沿革：1949年以前，为独店乡，后设独店区。
1957年，撤区并乡，恢复为独店乡。
1958年，成立独店公社；同年10月，与中台合并为灵台公社。
