因境内五龙台有座大庙，庙下一条大沟称庙沟而得名。
庙沟镇地处镇安县城西南63公里，属于旬河流域。东邻永乐镇，南接柴坪镇，西邻余师、黄家湾乡，北接云盖寺镇。全乡总面积198平方公里，其中耕地15974亩，基本农田10320亩，人均1.1亩，有林地18600亩。境内以中低山为主，地势东北高，西南低，最高海拔1549米，最低海拔422.6米，相对高差1126.4米，整个地形呈东西略长的棱形状，由一河五沟相间而成。年均日照1850小时，平均气温13. 7℃，年降雨量870-1100毫米，年均无霜期226天，雨量充沛，无极端严寒。2005年目全乡辖8个村53个村民小组，2586户，10208人。其中农业户2536户，人口9937人。 全乡耕地+查看详细庙沟镇概况>>
2023年12月，庙沟镇被命名为2023年度陕西省省级卫生乡镇。
百神洞黑龙庙百神洞黑龙庙时代：明、清地址：商洛市镇安县庙沟镇蒿坪村保护范围：南至百神洞大殿以南50米，北至石拱大门以北50米，西为山崖体，东至石坎边以东100米。建设控制地带：A区外延100米。2014历史沿革：1949年11月，设庙沟乡。
