因乡人民政府驻地原有一座寺庙在沟口而得名。
吴旗县庙沟镇是陕北黄土高原丘陵沟壑区，位于吴旗县西南部，距县城驻地28公里，北靠新寨乡，南邻长官庙乡，东临吴旗镇，西与甘肃省华池县桥川乡接壤，总面积371.7平方公里，辖12个行政村，86个村民小组，8281人。2004年，全乡工农业总产值达2400万元，财政收入52万元，农民人均纯收入1700元。1998年以来，庙沟乡在吴旗县委、县政府的正确领导下，紧紧抓住西部大开发的机遇，按照“封山退耕、植树种植、舍饲养羊、草畜先导、强农富民”的逆向开发思路，大刀阔斧地进行了一场绿色革命，摆脱了传统农业“广种薄收、赿垦赿穷”的恶性循环桎梏，使全乡上下形成共识，走以生态平衡为基础的可持续发展之路。+查看详细庙沟镇概况>>
2011年10月，环境保护部授予庙沟镇2011年国家生态建设示范区之“全国环境优美乡镇”称号。
历史沿革：清代及民国时属甘肃省庆阳县。
民国三十一年（1942年），划归吴旗县。
1949年，划归甘肃省华池县。
1950年，复划归吴旗县，属三区。
2015年6月28日，陕西省调整乡镇行政区划，撤销庙沟乡，设立庙沟镇。
