在妙镇因靠近明江河，故时常遭水淹，人们在此立庙求祈称为驮庙，即水庙之意，后建村寨即称“庙”。1940年圩上知名人士将“寨庙”改为同音“在妙”。因镇政府驻地位于原名在妙圩而得名。
在妙镇位于上思县西部，距县城35公里，西与宁明县那堪乡接壤，北靠四方山与扶绥县交界，南邻平福乡，东连七门乡，属边境区域，低丘陵盆地。全镇总面积96平方公里，耕地面积48117亩，其中水田12040亩，旱地36077亩，林地面积44675亩，辖6个村委会69个自然屯，总人口18076人，其中农业人口16706人，非农业人口1370人。居住有壮、汉、瑶等民族，其中壮族人口73%。在妙镇旅游资源丰富，主要景点有屯隆村牛岩、水岩、通天岩和驮从村那蒙天主教堂等。矿产资源有磷矿、石灰石等。在妙镇交通便利，是上思、宁明、扶绥、崇左4县（市）交界枢纽重镇.20274国道与明江河道横穿腹部，国防公路通平福过华兰+查看详细在妙镇概况>>
2023年12月，被重新确认为2023年广西壮族自治区卫生镇。
2022年4月，在妙镇入选2022年农业产业强镇创建名单。
2019年11月，在妙镇上榜广西2019年度自治区级生态乡镇名单。
历史沿革：民国二十二年（1933年），设有妙乡、佛子两乡，属上思县。
1956年，合并为上思第二区，辖佛子、在妙、昌墩3个乡。
1966年，在妙区改为在妙公社。
1984年10月，在妙公社撤改为在妙乡。
1987年7月，在妙乡分设在妙、七门两个乡。
1994年11月，在妙乡改为在妙镇。
2005年6月，七门乡撤销并入在妙镇。
