据《南澳县志》载:“其山上有云气，故名云盖寺，宋时建。”镇因寺名。简称云澳。
南澳鲜活海产品主产地。明、清属福建省诏安县，1914年划归广东省，1961年设云澳公社，1986年建镇。位于南澳岛东南部，依山面海，距县城8.3公里。面积24.3平方公里，人口1.7万。辖澳前、南台、中柱、西畔、老园、东澳、云星、九溪澳、下势山、后兰10个村委会。以渔业、种养业为主。工业品——黄铜水龙头，为优质产品。南宋末帝赵昺南曾徙驻于此，现留有太子楼、宋井等建筑物。云澳镇联系电话：0754-86852002
2023年11月，入选广东“百千万工程”首批典型县镇村。
2021年6月，根据第七次全国人口普查结果，云澳镇人口数量为1.65万人，位列南澳县各乡镇人口数量排行榜第2位。
2020年11月，云澳镇被授予第六届全国文明村镇称号。
南澳岛宋井宋井风景区位于云澳镇澳前村东南海滩，由蜚声中外的宋井、景亭、太子楼遗址等主体景观组成。据记载南宋景炎元年（1276年）5月，因元兵进迫，时礼部侍郎陆秀夫和大将张世忠等护宋少帝退经南澳，驻跸澳历史沿革：明、清代，属福建省诏安县。
民国三年（1914年），划归广东省。
1958年5月，云澳乡、深澳乡合并为云澳镇。
1961年3月，云澳镇改为云澳管理区。
1965年9月，改设云澳公社。
1987年11月，改设云澳镇。
