此处为古战营，遇有兵乱，即以此为营。明洪武十三年（1380）设军口巡检司于此，后“军口”成了地名，而百姓都希望远离战争，“军”“均”谐音，“军口”便成了“均口”。

建宁县辖乡。1９５６年设均口区，1９５８年建公社，1９８４年改乡。位于县境南部，距县城２７公里。面积３０６平方公里，人口1．７万。宁三公路过境。辖均口、黄岭、修竹、龙源、官常、岭腰、隆下、龙头、焦坑、洋坑、台田、半寮、芰坑1３个村委会。农业主产水稻、莲藕、家禽。均口镇联系电话：0598-3232068

2020年12月，福建省爱卫办命名均口镇为福建省卫生乡镇。

2014年6月，环境保护部授予均口镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。

均口特区游击队司令部旧址均口特区游击队司令部旧址位于建宁县均口镇均口村桐斜3号东50米处。1934年5月，建宁县城失守，建宁县苏维埃政权尚存里心、黄泥铺、客坊、黄岭、澜溪、均口等完整区。中共闽赣省委决定将建宁南部的中共均口特区委员会旧址中共均口特区委员会旧址谢氏祖屋位于建宁县均口镇均口村桐斜3号。1934年5月建宁城区失守，建宁县苏维埃政权尚存里心、黄泥铺、客坊、黄岭、兰溪、均口等完整区。中共闽赣省委决定，中共建宁县委、建历史沿革：均口历史文化悠久。

均口系古时军事要塞，宋建隆年间属南区，原称“军口”，因有古战营，故设有军事机构——军口巡检司，宋元以来属南乡。

解放前称宁安乡、丰安乡，建国初成立第三区人民政府，1958年成立均口人民公社，1970年分出水西大队属城关公社，1972年分出伊家等七个大队另成立伊家人民公社。

1997年8月撤乡并镇，称均口镇人民政府。