清时称燥溪。后因筑坎拦水，溪水长流，藻类丛生，遂更名藻溪。
苍南县辖镇。1958年成立藻溪管理区，1961年建公社，1984年设镇，1992年挺南、繁枝、二乡并入。位于县境中部，距县城7.5公里。面积75.7平方公里，人口3.58万。灵(溪)金(乡)公路横穿境内。辖横街、康乐2个居委会和建光、周浦岭、高岙、下山虎、盛陶、新荣、下九堡、九堡、丁步头、蔗岙、百子坟、燕坑、将军脚、东溪、潘庄、杨府宫、平水、吴家园、险口、青山内、加针坑、小心垟、下村、流石、下应、东垟、元店、繁枝、三岙、北山坡、坡南、白坟、丁岙、魁桥、毛徐、万里、欧山、新岭、汇江、联岙、内西岙、东湖、龙船坑、三十六弯、横圳、草白、狮仔47个村委会。有电器电热、毛巾、食品、矿泉水、矿山开拓等行业+查看详细藻溪镇概况>>
2022年8月，藻溪镇入选为2022年度温州市水美乡镇。
2021年12月，浙江省民政厅认定藻溪镇为浙江省革命老区乡镇（街道）。
2020年7月，全国爱卫会命名藻溪镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。
2018年1月，藻溪镇入选第二批温州市语言文字规范化乡镇（街道）。
险口洞桥洞桥位于苍南县藻溪镇险口村。长10米，阔3.40米，高约30米，石砌半圆形拱券，发券用纵联砌置法，跨架两山深涧之上。桥旁有道光廿五年（1845）立的“奉宪示禁”碑，据碑文载，此处为浙闽驿道上盛陶窑址群盛陶窑址群，位于浙江省温州市苍南县藻溪镇盛陶村、下山虎村，分布面积约2000平方米，始建于唐，兴于宋，延烧至明清，是苍南年代较早的古遗址。盛陶窑址群包括源美内、下山虎、北山脚、贡子头、龙山头藻溪杨府宫藻溪杨府宫位于苍南县藻溪镇，年代为清。杨府宫建于清乾隆三年（1664），后于咸丰二年重修。杨府宫的正殿选材考究，做工精细，梁枋、雀替等木构雕刻花卉鸟兽等图案，圆柱石做，柱上楷书阴刻楹联，保存历史沿革：民国初为二十七都，属亲仁乡。
1952年称藻溪镇，属藻溪管理区。
1956年撤藻溪区复归灵溪区。
1959年2月藻溪改称管理区，5月称生产大队。
