清初开始垦荒，境内新开了四家小店，人们约定俗成地称之为新店，故名。
如东县辖镇。1958年成立新店公社，1983年改乡，1996年建镇。位于县境西南部，距南通兴仁机场25公里。面积52平方公里，人口2.2万。通洋公路过境，九洋河通航。辖新西、新南、双丰闸、夹路、砂石井、益民、深河、三角渡、北窑、方潭、丰字河、新桥、新中、孙桥、双虹桥、鹤颈湾、垛桥、月池、北新桥、新联、天水、墩港22个村委会。农业以种养业为主，水特产养殖较发达。.新店镇联系电话：0513-84388001
2023年9月，入选2023年江苏省省级耕地保护激励单位名单。
2015年12月，江苏省商务厅确定新店镇为首批江苏省农村电子商务示范镇。
2012年12月，环境保护部授予新店镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。
历史沿革：1959年，更名为新店人民公社。
1996年，撤乡，改置新店镇。
