明朝时期一莫姓苏州丝绸商人举家迁徙此地，开荒栽桑养蚕，经营丝绸，繁衍生息而成村庄，故为莫家庄。后因东台后港北边亦有地名莫家庄，为区分异地同名，按地理位置重新命名，因其地处后港南首而得名南莫。

南莫镇地处南通、盐城、泰州三市交界处，全镇面积75平方公里，人口6.03万，是江苏省重点中心镇，沿海开放卫星镇，南通市文明镇。 南莫镇历史悠久，境内闻名于世“青墩新石器时代遗址”的发现，昭示着五千年前先民们就在这里繁衍生息，江海地区人类文明史由此向前推进了三千多年。青墩古文化已被省、市、县列为旅游开发重点项目。(详细请参阅江与海的造化) 南莫镇人杰地灵。孕育了以国际奥林匹克化学、生物竞赛金牌得主王庆根、卢立等为代表的一批希望之星，养育了各类科技人才900多人，创办了省级农村模范、实验小学、省重点中学，获得江苏省群众文化先进乡镇、教育现代化先进乡镇等多种殊荣。+查看详细南莫镇概况>>

2024年9月，入选2024年江苏省省级耕地保护激励单位名单。

2020年7月，全国爱卫会命名南莫镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2019年1月，江苏省爱国卫生运动委员会命名南莫镇为2018年江苏省健康镇。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，南莫镇上榜。

2016年12月，江苏省爱卫会命名南莫镇为2016年度江苏省卫生镇（村）。

2011年10月，环境保护部授予南莫镇2011年国家生态建设示范区之“全国环境优美乡镇”称号。

历史沿革：1912年11月，泰东桥河以北属东台县南芗市，以南属泰县。

1944年9月，泰东桥河以北区域设南莫乡。

1958年10月，邓庄乡与南莫乡合并，设立南莫人民公社。

1968年3月，南莫人民公社改名为新南人民公社。

1981年8月，新南人民公社更名为南莫人民公社。

1986年1月，撤乡，改设南莫镇，1995年11月，邓庄乡并入，2001年1月，沙岗乡并入。