据《民国固原县志》记载，此地当时境内蒿草丛生，丝绸之路开辟后，道旁多设店铺，由此而得名。
2022年10月，蒿店村被列入第六批中国传统村落。
蒿店村是泾源县六盘山镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为640424102213，居民身份证号码前6位为640424。邮政编码为756000，长途电话区号为954 ，车牌号码为宁D。蒿店村与农林村、周沟村、刘沟村、东山坡村、集美村、马西坡村、李庄村、大庄村、半个山村、太阳洼村、杨庄村、五里村、和尚铺村、张堡村相邻。历史沿革：1958年9月属蒿店公社蒿店大队，同年12月为什字公社。
1962年属蒿店公社蒿店大队。
2003年为六盘山镇命名沿用至今。
