清末从扎巴城迁居。此地原有一间“本康”，则取名本康沟。
2021年9月，本康沟村被认定为第二批全国乡村治理示范村。
2020年11月，本康沟村被授予第六届全国文明村镇称号。
2020年2月，本康沟村被认定为2020年青海省乡村旅游重点村。
2019年12月，本康沟村入选第一批国家森林乡村名单。
2019年11月，农业农村部推介本康沟村为2019年中国美丽休闲乡村。
本康沟村是化隆回族自治县扎巴镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为632127104236，居民身份证号码前6位为632127。邮政编码为810000，长途电话区号为972 ，车牌号码为青。本康沟村与扎拉毛村、全藏村、南滩村、双格达村、西滩村、阿卡拉村、乙沙尔村、四哈宁村、关沙村、大拉曲村、扎让村、挖龙沟村、洛福村、香乙么村相邻。历史沿革：解放前称本康沟村，解放初加入高级社，1958年人民公社化时成立生产大队，1984年体改时改称为本康沟村民委员会。
