相传古时森林覆盖，光产天然木耳，故名。
2024年4月，被陇南市爱国卫生运动委员会命名为2023年度陇南市卫生村（社区）。
木耳村是宕昌县木耳乡下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为621223206200，居民身份证号码前6位为621223。邮政编码为746000，长途电话区号为939 ，车牌号码为甘K。木耳村与拉寺村、瓦拉子村、沙治村、西乌村、布竜村、扎字山村、马莲村、周儿村、拉大路村相邻。历史沿革：木耳村解放前属岷县理川镇管辖，当时就叫木耳村。
1950年划为宕昌县并设木耳乡，乡所在地就在木耳村，1961年建立木耳人民公社，1983年命名木耳村村民委员会，为其名称一直沿用至今。
