清朝末年，秦姓、罗姓、聂姓因灾荒来到此地（原现康县人），因村内植被保护良好，山大沟深，取名黑沟，后改为黑沟大队，现改为黑沟村民委员会。

2024年4月，被陇南市爱国卫生运动委员会命名为2023年度陇南市卫生村（社区）。

黑沟村是成县镡河乡下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为621221213210，居民身份证号码前6位为621221。邮政编码为746000，长途电话区号为939 ，车牌号码为甘K。黑沟村与建村村、阳坪村、王山村、石榴坝村、侯家老庄村、土蒿坪村、马槽沟村、半山村、阎家山村、镡河村、将利村相邻。历史沿革：1949年--1958年属原大坪乡管辖，1958年划为镡坝革委会老庄大队，1977年划出老庄大队成立了黑沟大队，1983年由黑沟生产大队改称黑沟村民委员会，2004年镡坝乡与镡河乡合并，即为镡河乡黑沟村民委员会。