因该地山大沟深，自然条件艰苦，故名。
2024年3月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名深沟村为2023年度甘肃省卫生村。
深沟村是静宁县深沟乡下辖的行政村，城乡分类代码为210，为乡中心区。区划代码为620826209205，居民身份证号码前6位为620826。邮政编码为744000，长途电话区号为933 ，车牌号码为甘L。深沟村与小户村、麦顶村、樊沟村、大岔村、联民村、王堡村、孙山村相邻。历史沿革：1958年设深沟大队。
1983年改称深沟村民委员会至今。
