唐贞观年间，因相传药王孙思邈曾在原灵武庙炼丹施药救助百姓而得名。

2022年12月，被确定为2022年陕西省美丽宜居示范村。

2017年9月，住建部公布了2017年改善农村人居环境示范村名单，灵丹庙村入选保障基本示范村。

灵丹庙村是太白县桃川镇下辖的行政村，城乡分类代码为121，为镇中心区。区划代码为610331101207，居民身份证号码前6位为610331。邮政编码为721000，长途电话区号为917 ，车牌号码为陕C。灵丹庙村与枣园村、白杨塬村、奎星楼村、杜家庄村、杨下村相邻。历史沿革：1952年12月前，灵丹庙村一直随桃川区隶属于岐山县辖。

1952年12月设立太白中心区后，由其桃川区灵丹庙乡管辖。

1952年初开始，农村先后经历了由互助组到初级农业生产合作社、高级农业生产合作社，再到生产大队的历史转变。

其间，从1954年起，灵丹庙、杜家村、柳树店三村合并，先后命名为灵丹庙初级、高级农业生产合作社和生产大队，至1958年公社化开始。

此后三个村分开各自单设为生产大队，均隶属桃川管理区+查看详细灵丹庙村历史沿革>>