明朝洪武二十九年（1396年），此地曾有一支马军（骑兵）驻扎兵营而得名。

2021年3月，马军村入选2020年云南省卫生村名单。

马军村是永胜县程海镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为530722105203，居民身份证号码前6位为530722。邮政编码为674200，长途电话区号为888 ，车牌号码为云P。马军村与东湖村、季官村、河口村、星湖村、凤羽村、潘崀村、吉福村、兴仁村、兴义村、海腰村、崀峨村相邻。历史沿革：1950年设马军村公所，1952年设马军乡政府，1958年设马军管理区，1960年设马军大队，1962年设马军小公社，1968年设马军大队，1984年区、乡体制改革时设马军乡人民政府，1988年1月改乡为马军村公所，2000年改村公所为马军村民委员会，一直沿用此名称至今。