早年，此地有一石孔，路从孔内通过，故名。

2023年1月，四川省爱卫办确定穿石孔村为2022年四川省卫生村（社区）。

穿石孔村是岳池县秦溪镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为511621109220，居民身份证号码前6位为511621。邮政编码为638600，长途电话区号为826 ，车牌号码为川X。穿石孔村与檬子桥村、朝门村、柏杨沟村、峰山寺村、南桥河村、小清溪村、龙石口村、仙潭寺村、四方寨村、邹家沟村、万年桥村、大柏坡村、油坊村、团结村相邻。历史沿革：1949年以前为黄溪乡五保。

1957年合作化时期为黄溪乡火炬社。

1968年文化大革命时期为黄溪公社二大队。

1981年地名普查时为团结公社穿石孔大队。

1984年体改为团结乡穿石孔村。

1992年，撤兴隆区，秦溪乡、铺芽乡、团结乡合并为秦溪镇，改为秦溪镇穿石孔村。

1994年，秦溪镇析出团结乡，改为团结乡穿石孔村。

2019年12月，团结乡并入秦溪镇，改为秦溪镇穿石孔村。