垭上有一小土地庙，里面供奉有菩萨，故名小神垭。小神垭村。

2019年12月，小神垭村入选2019年四川省卫生村（社区）名单。

小神垭村是西充县高院镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为511325112223，居民身份证号码前6位为511325。邮政编码为637200，长途电话区号为817 ，车牌号码为川R。小神垭村与万泉村、忠义山村、玉清山村、同德社区、大欠沟村、范家庙村、佛华山村、龙凤溪村、梓桐庙村、三溪口村、秋垭庙村、蟠龙山村、关帝庙社区相邻。历史沿革：民国时期，为同德乡第7保。

1950年，民主建政时为同德乡小神垭村。

1958年，为同德人民公社第5大队。

1981年，地名普查时定名为同德公社小神垭大队。

1984年，撤社建乡时更名为小神垭村。

2019年，撤销同德乡，将其所属行政区域划归高院镇管辖（南府函〔2019〕76号）。

2020年4月，小神垭村、梅树湾村合并设立小神垭村（西府发〔2020〕7号）。