此地地形为两山之间的狭窄地方有一寺庙大殿，故名。
2021年1月，南殿垭村入选2020年四川省卫生村（社区）名单。
南殿垭村是南部县升水镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为511321128217，居民身份证号码前6位为511321。邮政编码为637300，长途电话区号为817 ，车牌号码为川R。南殿垭村与长岭山村、玄帝垭村、皂角场村、临江坪村、蒙垭庙村、碑垭庙村、向阳路社区相邻。历史沿革：1950年、隶属西河乡、1958年。
隶属西河公社（人民公社运动），更名为11大队，1980年隶属西河公社，更名为南殿垭大队（一普避重名）。
1984年，隶属西河乡，更名为南殿垭村。
2020年村级建制调整撤销南殿垭村、阆中垭村，设立南殿垭村（南府函〔2020〕38号）至今。
