佛祖沟位于该村境内，曾供有佛主石像的山沟，故名。

2019年12月，佛祖沟村入选2019年四川省卫生村（社区）名单。

佛祖沟村是南部县建兴镇下辖的行政村，城乡分类代码为220，为村庄。区划代码为511321119210，居民身份证号码前6位为511321。邮政编码为637300，长途电话区号为817 ，车牌号码为川R。佛祖沟村与傅家庙村、马头庙村、刘三坝村、王家祠村、碾垭场社区、中和井村、回龙庵村、龙凤场村、洞洞山村、二教寺村、义丰场村、向家坪村、卫家坪村、蒲家坪村相邻。历史沿革：1950年，隶属碾垭乡，为佛祖沟村。

1958年，隶属碾垭乡人民公社（人民公社化运动），更名为11大队。

1980年，隶属碾垭人民公社（一普因重名更名为），更名为佛祖沟大队。

1984年，隶属碾垭乡，更名为佛祖沟村。

2020年，村级建制调整，撤销金龙庵村、龙王坝村、佛祖沟村，设立佛祖沟村（南府函〔2020〕38号），沿用至今。